

Aunque los cristianos fueron duramente perseguidos en Roma, la religión no desapareció. Más bien al contrario, se organizaron en pequeños grupos que seguían reuniéndose en secreto y profesando su fe en lugares ocultos. De hecho, el cristianismo ya había sido reconocido como religión oficial bajo el mandato de Constantino el Grande en el año 324 (curiosamente, se sabe que Constantino protagonizó asesinatos tan horrendos como el de su propia madre y que, en realidad, tan sólo se convirtió al cristianismo poco antes de morir. Probablemente lo hizo porque ninguna otra religión en aquella época permitía que el arrepentimiento expiara pecados tan graves como los que él había cometido en vida).
Atrás quedaba la época en la que el emperador Nerón utilizaba a los cristianos como antorchas humanas o los días de los grandes juegos en el Coliseo cuando los cristianos (entre muchos otros) eran devorados por las fieras a la vista del público. Sin embargo, las invasiones bárbaras no auguraban nada bueno para el futuro de la religión.
El papa Gregorio I fue uno de los principales responsables del mantenimiento del cristianismo. Bajo su autoridad se construyeron importantes basílicas en la ciudad y se empezó a desplegar en toda Europa la idea de Roma como ciudad de peregrinaje cristiano. En el año 774, el papa León III coronó como emperador de Roma a Carlomagno, más por asegurarse la persistencia del poder papal que por encontrar puntos comunes de entendimiento.
Los estados papales siguieron durante tiempo a las ciudades estado y, si algo estaba claro es que Roma no era un lugar seguro para los papas. El papa Clemente V, francés, trasladó su corte a Aviñón en el año 1309, una época llamada de cautividad babilónica hasta que, en 1377, Gregorio XI regresa a Roma y comienza a residir en lo que entonces era un área perteneciente a la ciudad, el Vaticano.
Durante los siglos XV y XVI los papas deciden asegurar su poder a través de la reconstrucción de la ciudad. Y así comienza un período floreciente para el arte romano conseguido por los papas, muchas veces, de forma poco "respetable”. Su poder y su reconocimiento aumentaba, pero las riquezas que acumulaban también se convirtieron en el objetivo de otras potencias de Europa, sobre todo, Francia y España, que consideraban que Italia tenía que ser suya.
Las tropas de Carlos V entran en Roma en el año 1527 durante el papado de Clemente VII, que salva su vida refugiándose en el Castel Sant'Angelo, pero que tiene que someterse después al imperio español. La Reforma que estaba teniendo lugar en países europeos como Alemania e Inglaterra no favorece a la influencia del papado, aunque durante el siglo XVII las alianzas de los papas con las familias más poderosas de Roma vuelve a hacer que la ciudad florezca construyendo maravillas barrocas y convocando a artistas magistrales como Bernini y Borromini.
Napoleón será otro nombre a destacar en la importancia de los papas en la ciudad. Sus tropas entran en Roma en el año 1796 y los territorios papales formaron parte de su imperio hasta 1815, cuando vuelven a restituirse los Estados Pontificios en el Congreso de Viena. Cuando parecía que el poder de los papas volvería a ser infalible y los más de mil años de poder papal aún no habían acabado, los Estados Pontificios vuelven a ser conquistados. En 1871 Roma vuelve a ser proclamada capital del nuevo estado unificado de Italia y para los papas ya no hay otra solución que encerrarse literalmente en el Vaticano como si fueran prisioneros.